La location scelta per la costruzione del nuovo aeroporto era quella compresa tra la zona di Aspra e quella
di Acqua dei Corsari a ridosso della zona Sud della città, questo avrebbe reso l'aerostazione più facilmente
accessibile e più vicina al centro abitato, inoltre la zona era meno soggetta a problemi legati alle raffiche
di vento, il consorzio autonomamente decise invece di costruirlo a Cinisi nella zona soprannominata Punta Raisi
in opposizione a tutti i tecnici che avevano dato parere negativo.
Nel 1956 viene presentato il progetto esecutivo alla presenza del Presidente della Regione, successivamente il
progetto viene presentato a Roma al ministero dei trasporti, a questo punto può iniziare l'iter per
la costruzione della struttura. Il progetto originale contava due piste parallele, una di rullaggio
ed una strumentale, l'opera venne inaugurata all'inizio del 1960. Subito vennero a galla alcuni problemi,
per esempio la presenza di forti venti meridionali (Scirocco) che condizionavano partenze ed atterraggi,
per questa ragione venne progettata un'ulteriore pista trasversale rispetto alle altre due.
Per i mondiali di Italia 90 vennero iniziati negli anni ottanta vari ed imponenti lavori, si progettò
infatti una nuova aerostazione più grande e moderna, per collegare più velocemente la nuova aerostazione
al centro abitato si pensò ad un raccordo ferroviario che unisse l'aeroporto alla linea ferroviaria per Trapani.
I lavori sulla nuova autostazione però vennero inaugurati molto tardi, nel 1987, e non si riuscì a rispettare
il limite massimo dei mondiali, la nuova aerostazione infatti venne inaugurata nell'estate del 1995.Ciò nonostante,
in occasione dei mondiali di calcio “Italia 90”, supervisore Luca Cordero di Montezemolo Direttore Generale
del comitato organizzatore del Campionato, l’aerostazione fu puntualmente adeguata all’evento sportivo con
sistemazione a verde, aree di accoglienza mirate e una speciale Sala Vip realizzati dal Designer Francesco Buffa.
I lavori per il collegamento ferroviario invece partiranno soltanto dieci anni dopo e vennero completati nel 2001.
La nuova aerostazione inaugurata nel 1995 si trova a poca distanza dalla precedente che da allora venne chiusa
ed utilizzata per motivi di servizio e scalo merci, la nuova linea ferroviaria inaugurata nel 2001 termina al
piano -1 dell'aerostazione, la linea la collega direttamente al centro cittadino con varie fermate
intermedie attraverso il passante ferroviario urbano.
La vecchia aerostazione viene utilizzata per un breve periodo tra il 2004 ed il 2006 come area
arrivi in concomitanza con la ristrutturazione di alcune aree dell'aeroporto, infine a partire
dal 2007 parte della vecchia aerostazione è stata modificata per accogliere il servizio di rent a car.
Nel 2009 il CIPE e la Regione Siciliana stanziano circa 200 milioni di euro per la ristrutturazione
totale dell'aerostazione e per la creazione di nuove strutture di supporto.